1971 yılında Boğaziçi Üniversitesi’nden Kimya Mühendisi olarak mezun oldu. Yüksek Lisans (1972) ve Doktora (1976) derecelerini Kimya Mühendisliği alanında The University of Newcastle Upon Tyne, İngiltere’de aldı. 1977 yılında İTÜ Kimya Fakültesinde doktor asistan olarak göreve başladı.1981 yılında doçent, 1988 yılında da profesör unvanlarını aldı.
İstanbul Teknik Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölüm Başkanlığı, Gıda Mühendisliği Kurucu Bölüm Başkanlığı, Kimya ve Metalürji Fakültesi Dekanlığı ve Rektör Yardımcılığı görevlerinde bulundu. TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi’nde, Kimya Mühendisliği Bölüm Başkanlığı, Yönetim Kurulu Başkanlığı ve TÜBİTAK Bilim Kurulu üyeliği yaptı. Üyelikleri arasında Institute of Energy İngiltere, Katı Atık Türk Milli Komitesi, Hava Kirliliği Türk Milli Komitesi bulunmaktadır. Kömür, petrol, petrokok, bitümlü şeyl, yakma ve hava kirliliği kontrol teknolojileri alanında çok sayıda uygulamalı proje tamamlamış, enerji ve çimento sektörlerine teknolojik çözümler geliştirmiştir.
Prof. Dr. Ekrem Ekinci, 2008–2010 yılları arasında Işık Üniversitesi Rektörü olarak görev yapmıştır. 2011 yılından bu yana T Dinamik Enerji Üretim Sanayi ve Ticaret A.Ş.’nin, 2013 yılından itibaren ise Tegnatia Enerji Üretim Sanayi ve Ticaret A.Ş.’nin kurucu ortağı ve Yönetim Kurulu Başkanı olarak görevini sürdürmektedir.